Anime ini menceritakan tentang dunia yang berada di tengah-tengah revolusi industri. Kelompok raksasa yang sulit dibunuh muncul. Raksasa tersebut hanya bisa dibunuh dengan cara menusuk jantungnya, yang dilindungi oleh lapisan besi.

Raksasa menginfeksi manusia dengan gigitannya, ia bisa menciptakan mayat hidup yang agresif dan dikenal sebagai Kabane. Di pulau Hinomoto, terletak di timur jauh, orang-orang telah membangun stasiun untuk berlindung dari makhluk-makhluk ini. Manusia mengakses stasiun sebagai alat transportasi makanan serta barang, dengan bantuan dari lokomotif uap berjalan yang disebut Hayajiro.

Ikoma, seorang anak yang tinggal di stasiun Aragane dan membantu untuk membangun Hayajiro, ia menciptakan senjata sendiri yang disebut Tsuranukizutsu untuk mengalahkan makhluk (Kabane). Suatu hari, saat ia menunggu kesempatan untuk menggunakan senjatanya, ia bertemu dengan seorang gadis bernama Mumei, yang dibebaskan dari pemeriksaan wajib Kabane. Saat itu Ikuma bersama Mumei melihat Hayajiro akan keluar dari kendali. Tiba tiba salah satu staf pada lokomotif Hayajiro berubah menjadi makhluk (Kabane). Stasiun, sekarang diserang oleh Kabane, dan saat itu juga lah kesempatan Ikoma untuk mencoba alat yang ia ciptakan untuk membunuh kabane.